Het museum stelt de architectuur centraal in een permanente expositie. Deze expositie gaat in op de ontstaansgeschiedenis van Nagele en haar unieke plaats in de architectuurgeschiedenis van Nederland. Daarnaast organiseert Museum Nagele wisselexposities waarin architectuur en beeldende kunst een belangrijke rol spelen. Sinds 1998 is Museum Nagele gehuisvest in de voormalige rooms-katholieke kerk, die gebouwd is door de architecten T. Taen en T. Nix.